La formaldeide è usata come disinfettante e sterilizzante; in soluzione acquosa (formalina) è attiva contro i batteri, i miceti, i virus, le spore e i micobatteri. Il riconosciuto rischio di cancerogenicità consiglia di limitare i tempi di esposizione per gli operatori. La formaldeide inattiva i microrganismi alchilando i gruppi aminici e sulfidrilici e l'anello dell'atomo dell'azoto delle basi puriniche. Anche se l'alcol di formaldeide è uno sterilizzante chimico e la formaldeide un disinfettante ad alto livello, l'uso ospedaliero è limitato dall'effetto irritante e dall'odore pungente anche a basse concentrazioni (<1 ppm). La formaldeide viene usata per la preparazione dei vaccini virali e la conservazione dei campioni anatomici.Per l'uso della formaldeide a temperatura ambiente nella disinfezione degli emodializzatori monouso utilizzati sullo stesso paziente, il Cdc consiglia una concentrazione del 4 per cento e un tempo minimo di esposizione di 24 ore: tutto il materiale va poi accuratamente risciacquato. Per le apparecchiature di dialisi si utilizzano disinfettanti a base di cloro, di glutaraldeide, e acido peracetico, anche addizionato con acqua ossigenata.La paraformaldeide è un polimero solido della formaldeide; può essere vaporizzato per la decontaminazione gassosa delle stanze a flusso laminare se si deve accedere nella stanza per lavori o per il cambio di filtri
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