L'acido peracetico (o perossacetico) a basse concentrazioni (da 0,001 a 0,2 %) agisce rapidamente contro molti microrganismi, spore e batteri. La sua decomposizione non è dannosa e non lascia residui. È efficace anche in presenza di materiale organico ed è sporicida a basse temperature. L'effetto corrosivo su rame, bronzo, ottone, acciaio, può essere bilanciato modificando il pH della soluzione, che è però particolarmente instabile: quella all'1% perde metà della concentrazione in 6 giorni; quella al 40%, l'1-2% al mese. Sembra agire denaturando le proteine, alterando la permeabilità cellulare e ossidando alcuni legami proteici. L'acido peracetico con l'acqua ossigenata è stato usato per disinfettare gli emodializzatori: negli Usa la soluzione è utilizzata nel 52 per cento dei centri di dialisi (dati del 1992). Si segnala però una più elevata mortalità nei centri che usano acido peracetico, acqua ossigenata e acido acetico o glutaraldeide, rispetto a quelli che usano formalina: la causa esatta non è stata appurata, ma non si pensa a un collegamento con queste soluzioni. Tre recenti studi definiscono l'acido peracetico (in soluzione riscaldata a 50 °C) come sporicida e battericida in un tempo di esposizione fino a 12 minuti; sembra quindi indicato per trattare endoscopi rigidi e flessibili ed era stato infatti utilizzato in una particolare macchina per il lavaggio degli endoscopi. In alternativa alla glutaraldeide c'è un nuovo prodotto con lo 0,35% di acido peracetico: i dati preliminari segnalano una buona attività battericida e sporicida.
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